A nord-ovest di Giannutri si trovano i resti di un sito archeologico di epoca romana: una Villa della famiglia dei Domizi Enobarbi edificata attorno al I e il II secolo d.C. La villa nasce come luogo di relax e otium con impianto termale e ambienti dedicati ai servizi.

L’isola di Giannutri veniva chiamata dai Greci Artemisia e dai romani Dianium, fu proprio nel periodo romano che l’isola visse il suo massimo splendore e vide la costruzione della villa appartenente ai Domizi Enobarbi, che avevano conquistato l’isola.

Sulla costa occidentale, presso Cala Maestra è situato il sito archeologico della villa del II secolo d.c., tuttavia, fu abbandonata nel III secolo d.C. per motivi sconosciuti, si ipotizza che la causa possa essere un sisma.